تمثل أمانة الشؤون العلمية الوحدة المركزية المنوط بها تنظيم وتنسيق العمل الأكاديمي بالجامعة وهي التي تشرف على قبول الطلاب بكليات الجامعة المختلفة وعلى إجراء الامتحانات وفقاً للوائح الجامعة وتقوم كذلك بإعداد واعتماد الشهادات العلمية الصادرة باسم الجامعة. 

 هيكل أمانة الشؤون العلمية:

    يتكون الهيكل التنظيمي لأمانة الشؤون العلمية من:

- أمين الشؤون العلمية

- نائب أمين الشؤون العلمية

- نائب أمين الشؤون العلمية للسجل الأكاديمي

وتضم أمانة الشؤون العلمية الأقسام التالية:

- قسم القبول والتسجيل

- قسم التدريب وشؤون أعضاء هيئة التدريس

- قسم الاحصاء المعلومات

- قسم السجل الأكاديمي

- قسم الشؤون الأكاديمية ومجلس الأساتذة

- قسم الشهادات

- المكتب الموحد لخدمات الطالب

ويقوم قسم القبول والتسجيل بأمانة الشؤون العلمية بالاشراف على تسجيل الطلاب الجدد وذلك بتوزيع قوائم أسماء الطلاب المرشحين للقبول بالجامعة على كليات الجامعة المختلفة بعد إحضارها من الإدارة العامة للقبول بوزارة التعليم العالي والبحث العلمي لكي يتسنى للطلاب المرشحين إكمال اجراءات قبولهم وتسجيلهم في كليات الجامعة المعنية، كما يتم عبر هذا القسم إعادة اسماء الطلاب المرشحين للقبول الذين لم يحضروا للتسجيل في التاريخ المحدد لمكتب القبول.